مرجع بدوي جهت رسيدگي به اختلافات كارگر و كارفرما، هيأت تشخيص است. براساس قانون كار تركيب هيأت مزبور متشكل از يك‎نفر نماينده وزارت كار و امور اجتماعي، يك‎نفر نماينده كارگران به انتخاب كانون هماهنگي شوراي اسلامي كار استان و يك‎نفر نماينده مديران صنايع به انتخاب كانون انجمن‎هاي صنعتي كارفرمايان استان است. البته وزارت كار مي‎تواند حسب نياز و در صورت لزوم نسبت به تشكيل چند هيأت تشخيص درسطح هر استان اقدام کند.

در خصوص وظايف هيأت تشخيص بايد توجه داشت هم شامل موارد فردي و هم جمعي است. در واقع بر اساس ماده يك آیين رسيدگي و چگونگي تشکيل جلسات هيأت‎هاي تشخيص و حل‎اختلاف موضوع ماده 164 قانون کار مصوب سال 1380 وظايف هيأت عبارتند از رسيدگي و اتخاذ تصميم در خصوص دعاوي و اختلافات (اعم از فردي يا جمعي) بين كارفرما و كارگر ناشي از اجراي مقررات قانون كار و ساير مقررات مربوط، رسيدگي و اتخاذ تصميم درخصوص دعاوي و اختلافات ناشي از اجراي قرارداد، موافقت نامه‎هاي كارگاهي و پيمان‎هاي دسته جمعي و رسيدگي و اتخاذ تصميم درخصوص دعاوي و اختلافات بين كارفرما و كارآموز ناشي از قانون كار و ساير مقررات مربوط، رسيدگي و اتخاذ تصميم درخصوص دعاوي و اختلافات ناشي از قرارداد كارآموزی است.
جلسات هيأت‎هاي تشخيص با حضور هر سه نفر اعضا به رياست نماينده وزارت كار در ساعات اداري و عنداللزوم خارج از وقت اداري در واحد كار و امور اجتماعي تشكيل مي‌شود. 

 هيأت حــل ‎اختـــلاف

هيأت‎هاي حل‎ اختلاف عمدتاً در مراكز استان‎ها و برخي از شهرستان‎ها بنا به ضرورت و به تشخيص وزارت كار و امور اجتماعي تشكيل مي‌شود. 
با شرايط مذكور نقش هيأت حل‎اختلاف عمدتاً رسيدگي به اعتراضات هريك از طرفين اختلاف از آراء هيأت تشخيص و به عبارت ديگر مرجع تجديد نظر است اما در مواردي از قبيل اختلافات ناشي از اجراي طرح طبقه‌بندي مشاغل مي‌تواند رسيدگي نخستين کند.
چنان‎چه به‎لحاظ اموري مانند ايجاد مزاحمت يا آلودگي زيست محيطي يا عدم رعايت مقررات ايمني و بهداشتي به‎حكم قانون يا مراجع صلاحيت دار كارگاه تعطيل شود، عللي براي اخراج تلقي نمي‎شود مگر اين‎كه به‎موجب رأي مراجع حل‎اختلاف امكان راه اندازي مجدد آن ميسر نباشد كه در اين موارد اخراج كارگر موجه تلقي و به قرارداد كار خاتمه داده مي‎شود. در غير اين‎صورت چنان‎چه در تبصره ماده 165 قانون کار مقرر شده، اگر اخراج كارگر در مراجع حل‎اختلاف غيرموجه تشخيص و رأي به اعاده به كار وي و پرداخت حقوق ايام بلاتكليفي او صادر شود و يا كارگر تمايل به بازگشت به كار سابق نداشته باشد، كارفرما مكلف است به‎موجب تبصره ماده فوق و بر اساس سابقه كار به نسبت هر سال 45 روز مزد به‎عنوان حق سنوات بپردازد.
در خصوص حق سنوات تجزيه و تحليل از سه مورد ديگر نيز ضروري به نظر مي‎رسد که شايسته است حسب مورد، در احکام مراجع حل اختلاف ملحوظ واقع شود: 
اول اين‎که: به موجب ماده 27 قانون کار اين مزايا حتي براي كارگراني كه اخراج آنان حاصل قصور و نقض آئين‎نامه‎هاي انضباطي است نيز مي‎شود. بدين توضيح که در فرض مزبور و در صورت تذکرات کتبي و اعلام نظر مثبت شوراي اسلامي کار، کارفرما حق دارد علاوه بر مطالبات و حقوق معوقه به نسبت هر سال سابقه کار معادل يک ماه آخرين حقوق کارگر را به‎عنوان حق سنوات به وي پرداخته و قرارداد را فسخ کند.
بنابراين چنان‎چه ملاحظه مي شود در صورتي‎كه كارگر حتي در انجام وظايف محوله قصور ورزد و يا آيين‎نامه‌هاي انضباطي كارگاه را پس از تذكرات كتبي نقض کند، كارفرما مكلف شده علاوه بر مطالبات و حقوق معوقه در ازاي هر سال سابقه كار معادل يك‎ماه آخرين حقوق كارگر به‎عنوان حق سنوات به وي پرداخته، سپس قرارداد كار را فسخ کند. به‎علاوه در صورت ترک کار توسط کارگر حتي در مواردي‎که زيان‎هايي را نيز به دنبال داشته باشد، کارفرما مکلف است کليه حقوق ناشي از قرارداد را به وي يا وراث او پرداخت کند.
دوم اين که: به موجب قانون کار هرگاه خاتمه قرارداد کار در اثر از كارافتادگي كلي و يا بازنشستگي کارگر باشد، وي به نسبت هر سال سابقه خدمت استحقاق دريافت يك‎ماه آخرين حقوق را دارد. ليکن چنان‎چه كاهش توانايي‎هاي جسمي و فكري وي، به تأييد كميسيون پزشكي ناشي از كار باشد ميزان آن دو ماه آخرين حقوق به ازاء هر سال سابقه اشتغال خواهد بود. 
سوم اين‎که: در خصوص مزاياي پايان كار كارگراني كه در قراردادهاي كار معين و يا قراردادهاي موقت به كار گرفته مي‎شوند، پرداخت حق سنوات بر اساس تبصره 4 ماده 41 قانون رفع موانع توليد رقابت پذير مصوب 1/2/94، به نسبت مدت کارکرد به مأخذ هر سال يک ماه آخرين مزد به كارگر پرداخت مي شود.

 هيأت‎هاي بـــــدوي و تجديـدنظر تشخيـــص مطالبات سازمـان تأمين اجتماعي

بر اساس ماده 28 قانون تأمين اجتماعي کارفرما وظيفه دارد حق بيمه کارگر را به سازمان تامين اجتماعي بپردازد، حق بيمه کارگر 30 درصد حقوق اوست که 3 درصد آن به عهده دولت و از مابقي 7 درصد به عهده کارگر و 20 درصد را کارفرما مي پردازد، در مشاغل سخت و زيان آور حق بيمه 4 درصد بيش از مشاغل عادي تعيين شده که پرداخت آن نيز در سهم کارفرما قرار دارد.
به استثناء 3 درصد سهم دولت که بطور يک جا و سالانه از طرف دولت پرداخت مي شود، کارفرما وظيفه دارد 7 درصد حق بيمه که به عهده کارگر است را همه ماهه از حقوق او کسر و به اضافه 20 درصد ( يا 24 درصد در مورد مشاغل سخت و زيان آور) سهم خود بابت بيمه کارگر به سازمان تامين اجتماعي حواله کند و حتي اگر سهم کارگر را از حقوق او کسر نکند، تاديه آن به عهده کارفرما است. مضافاً اين‎که بنا به تشخيص کميته کارهاي سخت و زيان‎آور استان، 4 درصد بيمه مشاغل سخت و زيان آور به حساب تأمين اجتماعي واريز مي‎شود.
علاوه بر موارد اشاره شده، به موجب ماده 5 قانون بيمه بيکاري 3 درصد نيز به‎عنوان حق بيمه بيکاري اضافه شده که پرداخت آن نيز به عهده کارفرماست.
حق بيمه هر ماه بايد حداکثر تا آخرين روز ماه بعد پرداخت شود. همچنين کارفرما وظيفه دارد ليست حقوق يا مزد کارگران را به سازمان تأمين اجتماعي ارسال کند.
در مواردي‎که حق بيمه به علل مذکور توسط سازمان مذکور تعيين مي‎شود بايد به کارفرما ابلاغ شود، کارفرما چنان‎چه آن را بپذيرد وظيفه دارد حق بيمه تعيين شده را به سازمان بپردازد. در غیر این صورت از تاريخ ابلاغ 30 روز فرصت دارد تا به آن اعتراض کند. چنانچه ظرف 30 روز به آن اعتراض ننمايد‎، تشخيص سازمان قطعي شده و از طرف سازمان وصول مي‎شود.
به موجب ماده 50 قانون تامين اجتماعي مطالبات سازمان تأمين اجتماعي در حکم اسناد لازم‎الاجرا بوده و طبق مقررات مربوط به اجراي مفاد اسناد رسمي به وسيله مأمورين اجراي سازمان قابل وصول است.
بر اساس مقررات جاري چنان‎چه کارفرما ظرف 48 ساعت از تاريخ ابلاغ اخطار، حق بيمه قطعي شده مذکور را نپردازد يا ترتيبي براي پرداخت آن فراهم نکند، سازمان اقدام به صدور اجرائيه خواهد نمود. و بدهکار يک ماه از تاريخ ابلاغ اجراييه فرصت دارد آن‎را پرداخته يا ترتيبي براي پرداخت بدهد يا مالي معرفي کند پس از ابلاغ و قبل از انقضاء مهلت يک‎ماهه نيز دايره اجرا سازمان مي‎تواند معادل مبلغ اجرائيه را به اضافه 30 درصد آن توقيف کند و براي توقيف اموال مورد نظر چنان‎چه ورود به محل لازم باشد و بدهکار مانع شود انجام توقيف اموال با حضور نماينده مرجع قضايي يا نماينده نيروي انتظامي يا دهبان به‎عمل مي‎آيد.
پس از توقيف اموال، ارزيابي و مزايده به‎عمل آمده و اموال توقيف شده به فروش مي‎رسد. در ضمن حق اجراي عمليات اجرايي نيم‎عشر مبلغ مندرج در اجراييه است و چنان‎چه بدهکار ظرف يک‎ماه از تاريخ ابلاغ اجراييه ترتيب پرداخت بدهي را بدهد نصف آن وصول خواهد شد.
اما چنان‎چه کارفرما ظرف مهلت قانوني اعلام شده به تشخيص سازمان تأمين اجتماعي نسبت به ميزان حق بيمه اعتراض نمايد، اعتراض مطروحه در هيأت بدوي تشخيص مطالبات سازمان مطرح مي‎شود.
بدیهی است رأي صادره بايد به کارفرما و سازمان تأمين اجتماعي ابلاغ شود. چنان‎چه رأي صادره تا مبلغ یک میلیون و 500 هزار ريال و کمتر باشد و يا اين‎که تا 20 روز پس از ابلاغ مورد اعتراض کارفرما يا سازمان تأمين اجتماعي قرار نگيرد قطعي و لازم‎الاجرا خواهد بود و به ترتيبي که در رابطه با وصول مطالبات قطعي سازمان تأمين اجتماعي اشاره شد از کارفرما وصول مي‎شود. ليکن چنان‎چه راي صادره بيش از یک میلیون و 500 هزار ريال باشد و در فرجه قانوني 20 روزه مورد اعتراض يکي از طرفين (کارفرما- سازمان تامين اجتماعي) واقع شود به هيأت تجديدنظر تشخيص مطالبات سازمان تامين اجتماعي ارجاع مي‎شود.